研究所專書論文
吳蕙芳，2023/3, “Social Service Provided by Catholic Divine Word Missionaries: A Case Study of Dehua Girls’ Hostel in Dapinglin, Xindian,” in Doing Holistic Mission and Social Healing: Mapping the Experience of SVD and SSpS in Taiwan, Catholic Fu Jen University, pp.67-86.
吳蕙芳，2023/3，〈薛保綸神父口述史〉，收入《全人使命與社會療癒:聖言會與聖神婢女傳教會在台灣的經驗》，新莊:輔仁大學出版社，頁221-288。
吳蕙芳，2019/12，〈戰亂下的傳教士生活：韓克禮神父回憶錄中的景象〉，收入《日本帝國下的基督教會》，桃園：國立中央大學出版中心，臺北：遠流出版事業股份有限公司，頁329-357。〔有審查〕【MOST104-2410-H-019-006-】
吳蕙芳，2018/05，〈萬德華神父筆下的傳教經歷：海峽兩岸的觀察記錄〉，收入《海絲之路：祖先的足迹與文明的和鳴》，1輯，廈門：廈門大學出版社，頁269-292。〔有審查〕【MOST104-2410-H-019-006-】
吳蕙芳，2015/12，〈天主教聖言會的社會服務事業：以新店大坪林德華女子公寓為例(1968-1988)〉，收入《華人情境下的基督宗教與社會關懷》，桃園：國立中央大學出版中心、臺北：遠流出版事業股份有限公司，2016，頁301-327。〔有審查〕
吳蕙芳，2012/07，〈國立臺灣海洋大學的發展：以系所演變為例(1964-迄今)〉，收入《海大校史論集(首卷)》，基隆：國立臺灣海洋大學，頁143-182。〔有審查〕
吳蕙芳，2012/07，〈臺灣省立海事科學校的創建與發展(1953-1964)〉，收入《海大校史論集(首卷)》，基隆：國立臺灣海洋大學，頁83-141。〔有審查〕
吳蕙芳，2010/05，〈海港城市的傳統節慶活動：以慶安宮與基隆中元祭為中心之探討〉，收入《海洋文化論集》，高雄：國立中山大學人文社會科學研究中心、文學院，頁317-352。〔有審查〕
吳蕙芳，2010/11，〈教會訪查資料與義和團研究〉，收入《十字架前的思索——文本解讀與經典詮釋》，臺北：黎明文化事業出版公司，頁107-132。〔有審查〕
吳蕙芳，2004/11，〈義和團研究中的史料發掘與史實建構——以口述資料為例〉，收入《義和團運動與中國基督宗教》，新莊：輔仁大學出版社，頁551-579。〔有審查〕
吳蕙芳，2009/07，〈《萬寶全書》所反映的清末民初社會變遷〉，收入《史學與史識：王爾敏教授八秩嵩壽榮慶學術論文集》，臺北：廣文書局，頁271-290。〔有審查〕
吳蕙芳，1998，〈大陸學界有關民國盜匪之研究〉，收入《中華民國史專題論文集(第四屆討論會)》，臺北：國史館，頁1855-1888。〔有審查〕